Ciao, forse in ritardo ma spero sia utile a te come a qualcun altro.
il codice da te inserito può essere personalizzato nella sezione
.prettyPhoto({ variabile1: 'valore', variabile2: 'valore', etc etc...});
codice:
<script type="text/javascript" charset="utf-8">
 $(document).ready(function () {
  $(".gallery a[rel^='prettyPhoto']").prettyPhoto({ theme: 'facebook', opacity: '1'});
  });
</script>
In questo caso è stato inserito il valore opacity: '1' per rendere lo sfondo completamente opaco.

Per quanto riguarda dove inserire questo codice, puoi metterlo nella sezione <head> dopo che hai richiamato i file .js di jquery e prettyphoto; oppure alla fine del documento prima del tag di chiusura </body>

Saluti.