dipende cosa devi fare: se hai bisogno di far comunicare due applicitivi scritti in PHP, sicuramente il sistema degli include o simili non è consigliabile, visto che saresti obbligato ad aprire dei controlli lato server che a mio avviso, per questioni di sicurezza, dovrebbero rimanere chiusi.

Se vuoi far comunicare le due applicazioni, puoi implementare un servizio server SOAP su ogni applicazione (se può capitare che entrambe fungano da server) e un servizio client SOAP (sempre su entrambe se il caso lo richiede) per ricevere i responsi. In questo modo crei un'applicativo sicuramente più sicuro, più flessibile e più comodo da gestire.

Ovviamente tutto dipende dai requisti e dal tipo di architettura che devi implementare!

Però da quanto ho letto nei post precedenti, mi sembra che potrebbe essere la soluzione al tuo problema!