Difficile dare una risposta...dipende molto da come hai pensato la logica del tuo framework...si potrebbero passare dei parametri ad un unico file, ad esempio index.php, in base ai quali un controller può decidere che layout costruire, oppure usare un template engine (tipo Smarty), preparare un layout "standard" e caricare le parti di pagina a seconda delle richieste...non so, a me vengono queste come idee; però ribadisco: secondo me molto dipende da come hai pensato la logica del tuo framework...
:ciao: