a seconda di come è realmente la struttura della cartella del dominio e dei sottodominio, dovrebbe essere sufficiente impostare quello che devi includere con

Codice PHP:
ini_set('include_path', '/include'); 
Non devi richiamare sempre la funzione: la direttiva di cui sopra specifica agli script PHP di cercare una cartella chiamata "include" anche nella directory corrente. Quindi se nella directory corrente ai creato la directory "include", i file all'interno di questa verranno inclusi.

PS. set_include_path() non funziona per tutte le versioni di PHP, fossi in te non la userei