mmm, in PHP la vedo molto dura, non impossibile ma molto dura: io lo farei in java, mi sembra la scelta più adeguata. Potresti creare una piccola applicazione desktop che legge i dati dal device USB e si collega al DB sul server per sincronizzare i dati, ad esempio.

Bisognerebbe solo capire se sia dal punto di vista tecnico (a cosa di può avere accesso o meno) che legale (non sempre è permesso interfacciarsi ai nostri device con software diverso da quello proprietario) sia possibile implementare un servizio di questo tipo!