La parte che interessa te è questa:
Codice PHP:
//for png and gif image that maintein the alpha
            if(($image_type == 1) || ($image_type==3)){
                imagealphablending($tmp, false);
                imagesavealpha($tmp,true);
                $transparent = imagecolorallocatealpha($tmp, 255, 255, 255, 127);
                imagefilledrectangle($tmp, 0, 0, $newwidth, $newheight, $transparent); 
però è strano, quel codice in teoria mantiene la trasparenza, quindi dovrebbe essere come la uppi.