Mancavano delle parentesi nelle altre condizioni.

codice:
if (screen.width>1600) {
  document.write("<link rel='stylesheet' href='css/main.css' type='text/css' media='screen' />");
  }
  else if (screen.width<1600&&screen.width>1360) {
  document.write("<link rel='stylesheet' href='css/main_m.css' type='text/css' media='screen' />");
  }
  else if (screen.width<=1360&&>=1024) {
  document.write("<link rel='stylesheet' href='css/main_s.css' type='text/css' media='screen' />");
  }
  
 else if (screen.width<1024&&>=640) {
  document.write("<link rel='stylesheet' href='css/main_xs.css' type='text/css' media='screen' />");
  }
 else if (screen.width<640) {
  document.write("<link rel='stylesheet' href='css/main_xxs.css' type='text/css' media='screen' />");
  }
PS: java è diverso da javascript