Di jquery non me ne intendo, ma pare che il problema che ha IE nella mappa di destra sia causato da un qualche errore nell'interpretazione delle coordinate (ripeto, non ti so spiegare altro ma magari prova a cercare il problema in quella direzione).

Per quanto riguardalo sfasamento di cui parlavi, a me quell'effetto, benchè imprevisto, piace, perchè da un tocco di tridimensionalità, i bordi arancioni sembrano quasi uscire dalla pagina.

Ho notato anche che con IE non succede niente cliccando sulle regioni della prima mappa.

Per quale scegliere vedi tu: ognuna delle due ha pregi e difetti. Dipende da che uso vuoi farne...

Ciao