I container stl non ridefiniscono l'operatore ==, ma puoi sempre usare l'algoritmo std::equal per effettuare il tuo confronto; puoi eventualmente scrivere un helper di questo genere:
codice:
template<typename C1, typename C2>
bool Compare(C1 cont1, C2 cont2)
{
    return cont1.size()==cont2.size() && equal(cont1.begin(), cont1.end(), cont2.begin());
}