per le problematiche giava ti rimando al forum apposito, qui possiamo discutere del secondo problema semmai e in termini puramente grafici.
I formati che che ti consentono una traparenza del canale alfa sono gif, e png quest'ultimo usato in molti giochi mame tipo arkanoid. nel formato gif hai un massimo di 256 colori con png dipende se in 8 o 24 bit comunque hai un numero maggiore di colori rappresentati.