Ho lo stesso problema: i Cookie sono abilitati, ma nisba.
Quello che mi sconcerta ancora di più ( il che è dire ) è il seguente:

Mi capita questo problema in un sito con accesso riservato, ma ho realizzato almeno un altro paio di portali che gestiscono le sessioni allo stesso modo.
Risultato: ad ogni cambio pagina il session_id() cambia sistematicamente di valore e solo su questo sito e solo su IE.

MA PERCHE' ????