Ciao,
per quanto ne so non c'è nessun problema a utilizzare un disco di arrivo più grande di quello di partenza, però non ho capito se vuoi fare un backup o un'immagine nel senso che il backup copia solo i file (singoli file o cartelle o dischi) ma non copia il registro di sistema e neanche molti dei file di configurazione quindi, in definitiva, non copia i settaggi mentre l'immagine fa una copia esatta del disco su un altro disco.

Fatta un'immagine dovresti poter addirittura togliere il vecchio disco, mettere quello nuovo e riaccendere e tutto dovrebbe (in teoria) funzionare alla perfezione.

Sono utili entrambe le cose: l'immagine mette al sicuro da crash del disco e da installazioni di software sconosciuti (prima di installare fai l'immagine, poi installi e se qualcosa non ha funzionato ripristini l'immagine) mentre il backup è utile per ripescare singoli file sovrascritti o cancellati.

C'è poi un'altra soluzione che si chiama RAID 1 che permette di far funzionare in parallelo al disco principale un altro disco (uguale o più grande) sul quale vengono fatte in tempo reale le stesse, identiche, operazioni che vengono fatte sul disco principale mettendo così definitivamente al sicuro da crash ma non da virus e cancellazioni accidentali (se cancelli un file lo cancelli su entrambi i dischi e lo stesso avviene se prendi un virus) e neanche da interruzioni dell'alimentazione.

Il più famoso software per fare immagini è Ghost che però credo sia a pagamento, Win 7 ha delle ottime utility per fare sia i backup che le immagini, altrimenti puoi provare con Macrium Reflect (è shareware a funzionalità ridotte senza limiti di tempo e la versione gratuita permette già di fare tutte le operazioni principali).

Per il raid 1 la cosa è più complicata perché un buon raid 1 va fatto a livello hardware e quindi occorre installare una scheda apposita nel computer.

Riguardo al multiboot credo che tu debba trattare i vari sistemi in modo completamente separato nel senso che dovrai fare delle immagini separate e dei backup separati per ogni partizione. Il raid 1, invece, essendo hardware, potrà essere unico.

Per quanto riguarda poi la scelta fra disco interno o esterno, per il raid 1 devi usare un disco interno altrimenti rallenti tutto il sistema mentre per backup e immagini è uguale, devi decidere tu in base ai costi, alle necesità di trasporto dei dati su altri computer, allo spazio che hai dentro il case, alla tua capacità di mettere le mani dentro il pc...

Per questioni di sicurezza è bene che il disco su cui fare un raid 1 sia di marca diversa rispetto al principale o, se della stessa marca, per lo meno, che appartenga a un lotto di produzione diverso perché così si diminuisce la possibilità che un difetto di fabbricazione sia presente su entrambi i dischi e porti al crash contemporaneo di entrambi.

Ciao