Non riesco a trovare un errore vero e proprio nel tuo codice.
Quindi o mi è sfuggito o lo "sfasamento" potrebbe essere dovuto al fatto che per impostare la struttura del tuo sito hai mischiato tabelle e div.


Dato che le tabelle non dovrebbero essere usate per dare un'impostazione alla pagina ma solo per dati tabellari una soluzione potrebbe essere utilizzare solo i div.

Un'altra cosa che ho notato è che nella tua pagina hai dichiarato il doctype ma non hai messo
codice:
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
al posto di
codice:
<html>
Non credo che sia questo a darti problemi, ma sarebbe meglio che lo sistemassi.

Fammi sapere se hai risolto!