Se il server dove lo devi mettere ha il supporto per ioncube o, meglio ancora, Zend, ti consiglio vivamente di criptarlo.
Anche se esistono diversi metodi e siti per decriptare il codice criptato con Ioncube.
Potresti ipotizzare di mettere il database sul tuo server, in modo tale che, è vero che hanno il codice, ma senza database non se ne fanno nulla!!
Tranne se non si vanno a ricreare tutta la struttura del database, studiandosi tutto il codice!