per quanto sia possibile creare delle buone alternative di animazione usando effetti di animazione in javascript e canvas, purtroppo molti browser non raggiungono ancora livelli di performance tali da far soppiantare l'uso di flash.
c'è anche da dire che il plugin flash permette all'animazione di funzionare in un suo ambiente, mentre animazioni complesse fatte in js che siano al tempo stesso performanti rispetto all'ambiente di esecuzione richiedono tempi di sviluppo non banali.
Fortunatamente la diffusione di ipad e iphone sta comunque obbligando a dover ripensare a certi widget senza l'uso di flash anche se questo comporta situazioni al limite dell'assurdo, in cui viene richiesta sviluppo in HTML5 e compatibilità tanto per ipad quanto per IE6.
Ho già seguito due progetti con queste caratteristiche negli ultimi 3 mesi e non è stato semplice, troppe variabili e brutte sorprese che saltano fuori quando meno te l'aspetti.