Il client mysql installato sul php 5.3 ha problemi di compatibilita' con la versione 5.0 di mysql.

Siccome so di alcuni work-around per rendere compatibili queste due versioni e non essendo assolutamente favorevole a condizioni personalizzate, estemporanee e provvisorie per quanto mi riguarda ho assunto che:

1) php 5.2.12 e inferiori vanno a braccetto con mysql 5.0.x
2) php 5.2.13 e .14 possono stare sia con mysql 5.0 che con mysql 5.1
3) php 5.3.x solo con 5.1.x

Ovviamente non e' una regola generale e' in molti potranno dare indicazioni differenti. Per me e' una regola e basta.

Se non ti connetti con i due tipi di password significa che il problema sta nel manico, cioe' i driver vedi il punto 3) qui sopra. Ma fai anche in fretta a verificare direttamente sulla tabella mysql come sono settate le password.