Puoi interfacciare le due cose in diversi modi:
Puoi usare exec per eseguire dei programmi ( tuoi o di altri ) o creare oggetti com ed utilizzare i metodi, per entrambe le cose devi avere i permessi.
Puoi usare un programma in ascolto ( pensa ai server di posta per esempio ) , utilizzando i socket e qualche protocollo puoi stabilire cosa fare.

La cosa piu semplice che mi viene in mente e' l' appoggiarsi ad un database: hai la sicurezza dell' autenticazione tramite password; hai la semplificazione dell' accesso concorrente in scrittura da php ed in lettura dal programma in ascolto.
In alternativa puoi creare un webservice che chiami da php.

Avendo piu dettagli sarebbe piu semplice dirti qual'e' la soluzione migliore.