Scusa, niente di personale, ma a volte non capisco proprio. Sarà il copia e incolla che inibisce la capacità di ragionamento.

Nel codice da te postato:

codice:
Scanner sc = new Scanner(System.in);
System.out.println("Inserisci una vocale : ");
String stringa = sc.next();
char ch = stringa.charAt(0);
La variabile stringa mi sembra sia appunto di tipo String, puoi passare quella al metodo sostituisci().
Oppure modifica il metodo sostituisci così:

codice:
public static String sostituisci(String str, char vocale) {
    return str.replaceAll("a|e|i|o|u", String.valueOf(vocale));
}
in ogni caso un po' di iniziativa non guasterebbe.