no
codice:
<script type="text/javascript">
var flag=false;
function apriPopup(){
  window.open(blablabla);
}
</script>
...
<form name="tuoForm" action="doveInviareIlForm.php" onsubmit="if(!flag){FunzioneApriPopUp();return false}">
...
<input type="submit" />
</form>
e nel documento che apri in popup aggiungi
codice:
window.onunload=function(){
  if(window.opener && !window.opener.closed){
    window.opener.flag=true;
    window.opener.document.tuoForm.submit()
  }
}