Ciao e benvenuto, prova cosi:
codice:
<script type="text/javascript"> 
<!-- 
if (document.all){ 
document.write("<link rel='stylesheet' href='../css/explorer.css' type='text/css'>"); } 
else { document.write("<link rel='stylesheet' href='../css/firefox.css' type='text/css'>"); } 
 //--> </script>
probabilmente e perché l'hai inserito nella pagina tutto su di una riga

P.S. Consiglio se le operazione in javascript si limita a questa ok, altrimenti studia le basi, o avrai molte + difficoltà sia nello sviluppo/inserimento di script che nello spiegarti o capire eventuali risposte.