Ciao
se nel passaggio di IIS non ti riconosce più il file di configurazione ( fino a ieri perfettamente funzionante ) probabilmente è perché devi configurare il corretto Application Pool
Se apri la Gestione Internet Information Services vedrai un ramo "Pool di applicazioni" e dentro dovresti trovarne 2 : Classic .Net Application e DefaultAppPool, di cui la prima avrà Modalità pipeline integrata e la seconda Classica
Se vai nelle proprietà della tua applicazione ( tasto Dx, Gestisci Applicazione, avanzate ) puoi cambiare l'AppPool da quella di Default a quella classica

La questione è che con IIS 7 è stata creata un'integrazione tra IIS e il Framework ( che prima invece esisteva come un componente esterno, il famoso filtro isapi ). La modalità integrata, però, prevede parti nel web.config che nelle applicazioni precedentemente sviluppate difficilmente si trovano. Basta quindi rinunciare ai vantaggi della modalità integrata, tornare alla classica e tutto dovrebbe sistemarsi

Famii sapere