premetto che, anche io mi sono trovato in una situazione simile...

modificare una partizione, dove si trova già sistema operativo ecc ecc, comporta sempre dei rischi... infatti si possono verificare questi inconvenienti... quando mi è capitato ciò ho scelto forse la strada più lunga, ma è stata funzionante...
ho formattato il mio hd... ho creato le varie partizioni, se ne posso creare 3 se non sbaglio di tipo principale(quella per installare i s.o.), ho installato windows, linux e la terza l'ho riservata ai dati. tutto liscio e l'ho fatto sia con xp - ubuntu e vista/seven - ubuntu.

Credo e spero che tu non hai nessun virus, o a meno che non ci siano errori strani... tra hard disk con errori, virus ecc ecc non è che siano belle cose, lascia perdere queste cavolate, fai una copia dei dati più importanti e prova a fare come ti ho detto. non penso che il tuo disco d'installazione di windows sia, danneggiato o difettato puoi sempre provare su un'altra macchina.

p.s. gparted è un ottimo tool per partizionare, ma come tutti i programmi di questo tipo, usarli comporta i suoi rischi.

spero di essere stato chiaro e soddisfacente.