Poiché ti viene restituita un'immagine, devi usare le mappe di immagini, con l'inconveniente che se cambi lo zoom o il centro della mappa perdi tutte le posizioni.

Usando le Api Javascript puoi includere l'immagine o un link all'interno dell'info window, anzi dovresti poter riuscire a gestire come preferisci l'evento onclick sul marker.
usando questo sistema ti devi ricavare però la latitudine e longitudine del comune, niente di complicato, dai un'occhiata al geocoder/geocoding sempre nel manuale di google maps api. Lo puoi anche fare al volo durante la visualizzazione, ma è meglio se ti salvi le coordinate quando compili la lista dei comuni.

In entrambi i casi con php non c'entra molto