Non e' necessaria alcuna codifica particolare per registrare dei dati in un database, l'unico accorgimento e' mettere un backslash prima degli apici se scrivi le query direttamente, e per quello si usa mysql_real_escape_string(). Posta codice e dati di esempio perche' non e' possibile che una lettera accentata o un punto facciano fallire una query.