Se intendi una copia di tutto il sistema, non ha senso farla prima di formattare in quanto dopo ripristino tutto tornerebbe come prima (problemi compresi).
Quindi sistema e programmi in questo caso vanno reinstallati.

Ti conviene salvare i file personali, eventualmente le impostazioni di alcuni programmi (posta elettronica, office, etc.), poi formatti e reinstalli tutto.
A questo punto con una installazione "pulita" fai un bel backup di sistema con un programma tipo acronis true image da utilizzarsi in futuro in caso di problemi.