codice:
delete t1 from tabella as t1, tabella as t2 where t1.codice_cliente = t2.codice_cliente and t1.codice_fiscale = t2.codice_fiscale and t1.id < t2.id
Questa query per ogni occorrenza di duplicati cancellerà tutto tranne il record con id più recente.

Per precauzione testa la query su una copia di backup che creerai così

codice:
create table tab_backup like tab_originale
insert into tab_backup select * from tab_originale