il cambio formato penso debba essere fatto dopo il multisort
non credo proprio.
Il multisort riordina gli array DOPO che sono stati popolati dei loro conteuti.
E' necessario prima definire i contenuti, comprese le date, e poi queste vengono riordinate assieme agli altri campi.

Ritengo più probabile che il problema sia altrove.

Il fatto è che con le ultime modifiche l'ordine viene fatto in base all'array $data, che non è più quindi anno/mese/giorno ma bensì giorno/mese/anno: quindi vengono ordinati per giorno, poi per mese, poi per anno, cioè con un ordine che non è cronologico.

La soluzione?

Usare un array di appoggio:

Codice PHP:
<?PHP 
$dir="directory_immagini"; 
$d = dir($dir); 
$i=0; 
$z=0; 
while ($entry = $d->read()) { 
if($entry != "." && $entry != "..") 
{ 
$i++; 

$nome[$i]=$entry; 
$ordine[$i]=date("YmdHis.", filectime($dir."/".$entry));
$data[$i]=date("d/m/Y H:i:s.", filectime($dir."/".$entry));
$url[$i]="<a href=\"$d->path/$entry\">".$entry."</a>
\n"; 

$max=$i; 
} 
} 
array_multisort($ordine, SORT_DESC, SORT_NUMERIC, $data,$nome,$url); 
//array_multisort($nome, SORT_DESC, SORT_NUMERIC, $data); 
while ($z<$max ) 
{ 
echo $nome[$z]." ".$data[$z]." ".$url[$z]."
"; 
$z++; 
} 
?>