Sì, quando hai i permessi di scrittura su cartelle e file puoi accedere normalmente da nautilus.

Per il problema del cestino non saprei, forse è perchè il proprietario dei file non è il tuo utente: per provare dai un "sudo chown -R tuoutente:users /var/www", in questo modo il tuo utente diviene proprietario della cartella /var/www e di tutto quello che contiene.