non gestire l' onclick sul submit ma lascia che sia il form a gestire il proprio onsubmit

se il form non va inviato immediatamente non c'e' altro da fare che ritornare false all' onsubmit del form
in pratica impedisci il naturale submit, lo forzerai al termine della temporizzazione via javascript


<form name="nomeForm" onsubmit="funzione();setTimeout(function(){documen t.nomeForm.submit()},3000);return false">