anche il mio codice, anche se funzionante, era scazzato (l'ho fatto troppo in velocità ). Decisamente troppi cicli...
Siccome non mi riesce di editare il messaggio, ecco qui la funzione modificata:

codice:
function checkCount() {
	var limit = 3;	
	for (var f=0; f<6; f++) {
		var checkBox = document.getElementById('vetrina'+f);
		checkBox.onclick = function() {
			var checkedCount = 0;
			for (var j=0; j<6; j++) {
				checkedCount += (document.getElementById('vetrina'+j).checked)? 1 : 0;
				if (checkedCount>limit) {
					alert("Hai superato il limite di " + limit + " checkbox selezionate.")
					this.checked = false;
					break;
				}
			}
		}
	}
}