se conosci questi sistemi free di e-commerce secondo me fai prima ad adattarli alle tue esigenze... tocchi anche meno codice ecc... poi trovi dei bei template già fatti che puoi adattare....
certo che facendolo da 0 hai moooolta più possibilità di personalizzazione... lo fai come vuoi in pratica..
dipende dalle tue esigenze in fine... comunque in generale ti consiglio di usare una piattaforma già fatta.. o magari un add on di qualche cms...