dovresti poter usare la funzione insertBefore(). Non posso provare se funziona in questo momento ma più o meno dovrebbe essere così:

codice:
function appendOption() {
   newElem = document.createElement("option");
   newElem.text = "ciaooo";
   newElem.value = "";
   var select = document.getElementById("prova");
   select.insertBefore(newElem, select.childNodes[0]);
}