è semplice.

all'accesso alla home controlli se esiste un cookie istanziato dal tuo sito e il suo contenuto

se il cookie non esiste esegui il codice che apre la finestra di scelta
se il cookie esiste e il valore di music è settato su true apri il pop-up
se il cookie esiste e il valore di music è settato su false non aprire il pop-up

il pop-up ovviamente lo apri con javascript, visto che php è solo un linguaggio lato server, ma ti basta mettere il js all'interno di un if in maniera tale che venga eseguito solo se le condizioni sopra riportate sono valide.


per settare un cookie ti basta la seguente sintassi:
setcookie("music", true, time() + 86400);
per leggere i dati di un cookie c'è l'array superglobale $_COOKIE
il cookie sopra indicato nell'esempio dura un giorno
per accedere al suo dato ti basta scrivere $_COOKIE['music']

per la "finestra" tramite cui l'utente sceglie se sentire o meno la musica ti suggerisco di utilizzare un div con un alto z-index piuttosto che un vero e proprio pop-up