Iframe non fa perte del documento mentre il div si.
Prova a mettere la funzione nella pagina che carica l'iframe e dovrebbe funzionare, al limite gli aggiungi un div, oppure prova anche cosi:
<iframe id="iframe1" onload="this.scrollLeft='300'" src="http://www.sito.it" height="400" width="500" frameborder="0" scrolling="auto"></iframe>