Non mi sembra un problema di script... stai usando

che, come noto, sono dei box e quindi vanno a capo al loro termine... dovresti usare un tantinello di css con qualche float...

il tuo codice:
codice:
<html> 
<HEAD> 
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"> 
<TITLE>HTML</TITLE> 
<body bgcolor="Silver"> 
</body> 
</head> 
<body> 
<p align="right"> 
<script type="text/javascript"> 
//<![CDATA[
document.write('<s'+'cript type="text/javascript" src="http://ad.altervista.org/js.ad/size=120X600/r='+new Date().getTime()+'"><\/s'+'cript>');
//]]>
</script> 
</p> 
<p align="center"> 
<font size="5"> 
<font face="arial"> 
<big>INIZIARE CON L'HTML</big> 
</font> 
</font> 


 
<p align="center"> 

 
<font face="arial"> 
<font color="red">1.</font>  INTRODUZIONE 
<font size="2"> 


Cosa sono i browser e come utilizzarli per visualizzare il codice HTML
</font> 
</br> 
</font> 
</p> 
<p align="center"> 

 
<font face="arial"> 
<font color="red">2.</font> COME FUNZIONA UN BROWSER 
<font size="2"> 


Cosa significa HTML e cosa si intende per TAG
</br> 
</font> 
</p> 
</html>