Ho letto quegli articoli, ma non sono comunque riuscito a venirne a capo, perchè non comprendo proprio in che punto è che si posiziona.
Prima di poter usare tecniche dinamiche, occorre conoscere le tecniche statiche.
Se non hai capito il senso di quegli articoli, vuol dire che ti mancano informazioni basliari sulla formattazione CSS.

I CSS lavorano sulle pagine HTML: le tecniche JS (compreso AJAX) possono modificare gli oggetti presenti, ma gli attributi CSS si applicano alle varie situazioni che si presentano di volta in volta.
Quindi devi immaginare le pagine dinamiche come fossero una successione di pagine statiche: in ciascuna situazione "statica" si applicano i CSS.

Mi par di capire che il tuo JS crei o riempia dei contenitori, che vengono posizionati in giro per la pagina.
Peer posizionare occorre conoscere i fondamenti del posizionamento: e` uno degli argomenti piu` complessi dei CSS, ma se li vuoi usare devi capirli.
Puoi vedere degli esempi nei siti di layout che trovi in giro per la rete: alcuni sono citati tra i "link utili".
Vedi se trovi esempi delle situazioni iniziale e finale che hai tu, e studiati come sono fatti i CSS in quei casi.