Non mi pare una buona soluzione.
Anzitutto perche` potrebbe non funzionare (usa JS che puo` venir disabilitato)
Secondo perche` non e` accessibile
Terzo perche` carica il brwoser e il server e questo potrebbe portare rallentamenti inutili
Quarto: il document.write e` da usare con molta cautela: modifica la pagina HTML al volo durante il caricamento

Probabilmente c'e` un errore da qualche parte perche` non funziona il sistema "solo CSS".
Con il tuo JS semplicemente carichi un foglio CSS a seconda del browser. Ma se funziona caricandolo tramite JS, deve funzionare anche tramite commenti condizionali o altro sistema.