è possibile usare il LIKE anche per fare il JOIN tra due tabelle quindi ho modificato la query così

SELECT importo, descrizione, cf, ragionesociale FROM registroclienti INNER JOIN ON pagamentibanca.descrizione LIKE CONCAT('%',registroclienti.cf,'%')

certo non è veloce come una query dove il JOIN è fatto con un = ma sicuramente è più efficente di come l'avevo scritta prima