io aggirerei il problema aggiungendo 2 colonne nella tabella pagamentibanca, tipo:
id, importo, descrizione, cf, analizzare

poi creati uno script automatico che estrae dalla tabella tutti i record che hanno il valore di "analizzare" = N, per ciascuno di essi estrai dalla descrizione il CF e mettilo nel campo cf, ovviamente cambia il valore di ANALIZZARE = S

a questo punto saprai quali righe hai elaborato estraendone il cf e quali no

la tua query di ricerca iniziale ora puoi espanderla similmente a questa:

SELECT pagamentibanca.importo, pagamentibanca.descrizione, registroclienti.cf, registroclienti.ragionesociale FROM registroclienti, pagamentibanca WHERE registroclienti.cf = pagamentibanca.cf and pagamentibanca.analizzare = 'S'

p.s. occhio a forzare in maiuscolo sempre il CF in entrambe le tabelle, nel momento in cui salvi il dato in quel campo.