Quale versione di IE?
Quale DTD usi?

In linea di massima IE (dal 6 in poi) si comporta quasi bene se usi una DTD Strict (ad esempio XHTML 1.0 Strict).
Se invece ti basta la compatibilita` con IE7 e IE8, puoi anche usare HTML5.

Se non puoi cambiare DTD o se ancora non funziona, puoi usare i commenti condizionali (vedi tra i "link utili" se non sai cosa sono)