Lo hai provato? Comunque sì, compatta un po' caso mai

codice:
list_fd = fopen (lista_file, "w");

while ((dir_p = readdir(dp) != NULL) {
    fputs(dir_p -> d_name, list_fd);
    fputc('\n', list_fd);
}
volendo potresti anche sostituire fputs() e fputc() con una fprintf() con tanto di '\n' direttamente. Ti consiglio comunque di controllare il valore di list_fd dopo la chiamata a fopen() ed assicurarti che non sia NULL (il che sarebbe indice di errori nell'apertura del file). Inoltre, giusto per la precisione, il valore restituito da fopen() non è un file descriptor ma un file stream, quindi il nome list_fd non è appropriato ma vabbè, è solo per precisare perché è facile confondersi tra concetti diversi