Non conosco mootools, ma ajax carica solo testo (responseText) di fatto tu dovrai avere una pagina contenitore con tutti gli stili e una pagina ajax solo testo al massimo potrai avere html formattato tipo (<div id="id_mio_contenitore"/class="mia_classe">

<span>etc...) ma sarà il documento principale ad eseguire la formattazione, non il documento caricato dato che ajax interpreta comunque come testo (se inserisci un alert vedi come legge il response ajax) ma una vota inserito nel documento sarà interpretato come un tag html oppure (non sono sicurissimo vado a memoria) imposti lo stile in linea <div style=".....">testo</div>.
Spero d'essere stato abbastanza chiaro, non è difficile ma spigarlo per scritto il tutto si complica.