Esempio, tu adatta coi tuoi valori:
Codice PHP:
$theFile     = 'theTest.txt';
$renamedFile = 'theTestBAK.txt';
$arFor2Del   = array('due', 'quattro', 'sei');

if ( !rename($theFile, $renamedFile) ) 
    die('Impossibile creare il backup');

if ( ($contents = file($renamedFile)) === FALSE )
    die('Impossibile leggere il file');

$output = '';

foreach ( $contents as $line ) {
    $value = array_shift(explode(';', $line));
    if ( !in_array($value, $arFor2Del) )
        $output .= $line;
}

if ( !file_put_contents($theFile, $output) )
    die('Impossibile scrivere sul file'); 
file usato per il test:
codice:
uno;prova1
due;prova2
tre;prova3
quattro;prova4
cinque;prova5
sei;prova6
sette;prova7