Puoi usare i 2 eseguibili forniti dalla Microsoft:

instsrv.exe
srvany.exe

Il primo serve per configurare il servizio. Devi aggiungere al registro di sistema delle riche come le seguenti:

codice:
Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\SisOnLine\Parameters]
"Application"="D:\\PROGRA~1\\Sintesi\\SISONL~1\\Server\\SisOnLineServer.exe"
"AppDirectory"="D:\\PROGRA~1\\Sintesi\\SISONL~1\\Server"
"AppParameters"=""

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\SisOnLine]
"Description"="DenisLab S.r.l - Sistema di acquisizione dati da terminali presenze."
Poi con il comando "instsrv "SisOnLine" install" lo configuri.
Non mi ricordo bene bene la procedura ma nel sito della Microsoft trovi tutto.

Ciao ciao