Con Java puoi utilizzare la classe Scanner linkata da Vincenzo, oppure sfruttare java.io (esiste anche java.nio comunque).

Con Scanner è molto più semplice ed immediato però:
codice:
Scanner input = new Scanner(System.in);
int numero = input.nextInt(); // Torna un intero, ma lancia un eccezione se il dato non è un int valido

// Esistoni altri metodi, quali next() che restituisce il token successivo...e nextLine() che legge una riga (sino a \n)
Scanner è molto comodo anche per leggere file, ed il procedimento è identico, fatta eccezione per il parametro del costruttore che sarà ovviamente differente ^^