Esempio super-basilare:

Struttura file/directory:

XYZ/src/com/esempio/StringUtils.java
XYZ/doc

Nota 1: XYZ = una qualunque directory.
Nota 2: doc è inizialmente vuota.

StringUtils.java contiene:

codice:
package com.esempio;

/**
 * La classe <code>StringUtils</code> contiene metodi di utilità
 * per le stringhe.
 *
 * @author   nomeautore
 * @version  1.0
 */
public class StringUtils {
    private StringUtils() {}

    /**
     * Rovescia il contenuto di una stringa.
     *
     * @param   str  la stringa in ingresso.
     * @return  la stringa rovesciata.
     */
    public static String rovesciaStringa(String str) {
        char[] buf = str.toCharArray();

        for (int i = 0; i < buf.length/2; i++) {
            char t = buf[i];
            buf[i] = buf[buf.length-i-1];
            buf[buf.length-i-1] = t;
        }

        return new String(buf);
    }
}
Da prompt dei comandi, stando come directory "corrente" nella XYZ, dare:

javadoc -sourcepath src -d doc -author -version -subpackages com

Questo è già sufficiente per generare una documentazione javadoc.