Ho eliminato il superfluo dal tuo codice ed ho ottenuto questo settando $numero a un valore di test... confermi vero?
codice:
<?php
        $numero=10;
        $i = 0;
        while ($numero > $i) {
            $j = 0;
            while ($j <= $i) {
                echo "\$J=$j;";
                $j++;
            }
            echo "\$I=$i;";
            $i++;
            echo "\$I=$i;";
            $i++;
        }
 ?>
Il risultato è stato
codice:
$J=0;
$I=0;
$I=1;

$J=0;
$J=1;
$J=2;
$I=2;
$I=3;

$J=0;
$J=1;
$J=2;
$J=3;
$J=4;
$I=4;
$I=5;

$J=0;
$J=1;
$J=2;
$J=3;
$J=4;
$J=5;
$J=6;
$I=6;
$I=7;
Riesci a vedre il ciclo ora?