il jar è creato...scusa allora, separa logicamente i due blocchi, non è mai buona cosa mettere insieme robe che hanno vita indipendente.
In generale devi avviare la schedulazione (che parlando di scheduler vedo robe che programma e fa in modo indipendente) e poi la parte grafica che è solo di accesso per l'utente.
In quel caso 2 jar, uno solo grafico, uno per la schedulazione