io uso quella struttura perché spesso sviluppo con eclipse e poi rilascio il jar, quella mi fa comodo per il test in fase di sviluppo.

Se fai attenzione, usando il metodo che hai appena visto sei sicuro che non hai grossi problemi:

1. la home ce l'hanno quasi (al 99%) tutti i sistemi operativi, per cui almeno a quella ci arrivi
2. ti è richiesto di andare a tenere una cartella con le risorse.

Tu puoi distribuire il tuo zip con dentro le tue cose, richiedere semplicemente un path coerente fino alla home per cui hai

/home/user/progetto

con dentro

dist/jarfile
resource/pdffiles

come vedi in questo modo arrivare a resource è semplice e hai il vantaggio di poter eseguire il jar da

/home/user/progetto/dist

oppure da /home/user

oppure da /home/user/pippo/pluto/paperino

l'importante è avere chiara la directory base o comunque un path in cui vuoi che si trovino le risorse che usi.

Fallo funzionare così e poi puoi ancora generalizzare (rendendo l'intero percorso, non solo quello a home dinamico)