prova a farlo e vedi che succede. ma metti in pausa l'applicazione in un punto in cui è sicuro che usa una classe della libreria.
Come pratica cmq direi di mantenere protette le librerie e di evitare pasticci runtime, ti può andare bene se nessuno, quando fai il cambio, usa la classe (anche se il progetto la vorrebbe), ti può andare male se qualcuno la usa!
Anzi se proprio puoi evitare problemi includi le tue lib nel jar e nessuno te le tocca!!